在科研人员的努力下，我国在世界上首先研制成功新甲流诊断试剂，并及时在全国和12个发展中国家推广应用;在国际上首先精确揭示新甲流感染临床特征和病毒核酸衍变规律，提出新甲流的治疗方案和重症甲流的抗病毒、抗ARDS、抗休克、抗感染、维持水电解质和微生态平衡的救治策略，显著降低了病死率，成为世界卫生组织制定全球新甲流诊疗方案的重要依据。
甲型流感疫情防控成效，成为我国重大传染病防控和科技攻关集成创新一个成功的范例，多个国际公共卫生和新闻机构、专业期刊高度评价中国甲型流感防控中的做法、成果和作用，展示了我国对全球传染病防控的突出贡献。
H7N9禽流感防控：世界卫生组织认可的应急响应典范
H7N9禽流感是一种新型禽流感病毒，具有较高的病死率。2013年3月，H7N9在我国华东地区出现。针对该新发传染病，在传染病重大专项中承担任务的研究团队，积极开展了H7N9禽流感的病原识别与确认、诊断、治疗、技术与基础研究，以及疫情防控。
我国疾控与临床专业科研人员自主和通过诊防治联合技术平台合作攻关，获得标本后，5天内查明该新病毒，还研发了具有自主知识产权的H7N9禽流感病毒核酸诊断试剂盒，为诊治发挥了积极作用，并向周边国家提供了技术培训和诊断试剂;成功研制出H7N9病毒疫苗种子株，打破了流感疫苗株依赖进口的历史。
世界卫生组织在其《人感染H7N9禽流感防控联合考察报告》中评述：中国对H7N9禽流感疫情的风险评估和循证应对可作为今后类似事件应急响应的典范。
建立了集成创新性的传染病防控综合技术平台
“H1N1甲型流感和H7N9人感染高致病性禽流感的暴发疫情应对，是近年来我国传染病综合防控能力提升的缩影，充分展现了我国传染病综合防控能力的提升。”中国疾病预防控制中心主任、中国科学院院士高福表示，在“传染病防治”重大科技专项的支持下，我国传染病防控体系建立了集成创新性的传染病防控综合技术平台，从诊、防、治方面加强技术创新和防控机制创新，初步形成了国际先进水平的突发急性传染病防控技术体系。
科技部提供的数据显示：截至2018年12月31日，专项针对重大传染病研发多种预防、诊断产品，优化防治方案：艾滋病毒核酸检测试剂将检测窗口期从28天缩短到7天以内，全球首支60μg乙肝疫苗大大降低接种的低应答率和无应答率，艾滋病病死率从2010年的10.7%下降到4.6%，急性重型肝炎病死率由88.1%降至21.1%，以及全球首个2014基因突变型埃博拉疫苗，网页游戏私服，实现72小时内鉴定300种已知病原及罕见病原。
在我国，排在重大传染病前三位的是艾滋病、病毒性肝炎和肺结核。这些疾病的防控关乎人民群众的健康与生命。国家因此设立了“传染病防治”重大科技专项。
近年来，该专项聚焦传染病防控关键领域，通过核心技术突破和关键技术集成，使我国传染病科学防控自主创新能力达到国际先进水平，使我国保持艾滋病低流行水平，乙肝向中低流行水平转变，肺结核新发感染率和病死率降至中等发达国家水平。
2009年年初，H1N1甲型流感这种新型流感在全球暴发。我国迅速建立了由原卫生部牵头、科技部等38个部委参与的联防联控机制，针对流感防控中的关键性科技问题，开展多学科集成大协作攻关研究，以传染病科技重大专项总体组为核心的联防联控机制专家委员会，科学有序应对疫情。
