天京陷落（1864）后，其建筑在战火中遭严重破坏。两江总督曾国藩、李鸿章等人，认为太平天国将府学文庙所在地改作宰夫衙，是对孔夫子的大不敬，遂于同治四年（1865）八月，命将江宁府学及文庙迁建于夫子庙，而将原府学文庙改建为关帝庙，即恢复为明代始建的武庙。

改建工程于同治八年（1869）竣工。造头门、戟门、正殿、启贤殿、官厅、僧房共107间，围墙一周，并有泮池、墁地等。其中武庙大殿（现15号楼）的等级最高，平面7开间，进深5间，重檐歇山顶，周围回廊，台基很高，前有月台，殿内空间高敞，气势雄伟。民国时期改为考试院大礼堂，现武庙大殿尚存，是南京保留的古建筑中最精美的一处。

我们现在看到的清代武庙建筑，至今已有140多年的历史了。1982年被列为市文物保护单位。

据说，这其中的帝王庙建好后，朱元璋特地到老乡刘邦的牌位前敬了一杯酒。在祭祀刘邦时，朱元璋还说了一句著名的话，“惟公与我起布衣而有天下”，意思是说，只有他和汉高祖刘邦是布衣出身得天下的开国之君，很了不起。不过，朱元璋这话，却为后世留下了笑柄。因为刘邦当初是个亭长，相当于现在的村长，大小是个官。朱元璋呢，就是地道的布衣了。所以，按传统的说法，朱元璋在说这话时颇有点高攀的意味。

这段历史，得从朱元璋说起。他统一海内，定都南京后，为了在思想上控制百姓，先后在鸡鸣山一带建了多座庙宇。例如，洪武二年（1369年），在鸡鸣山建造了功臣庙。功臣庙里供奉的都是和朱元璋一起打天下的开国元勋，以徐达为首，论功列祀共21人。这些人物死者塑像，生者虚其位。除了这21个人，功臣庙还附祭滕国公顾时以下的288人。加起来，功臣庙祭祀的开国元勋共有309人。

600年沧桑话武庙武庙是与文庙相对应的中国古代礼制建筑，供奉武圣人关羽。

南京的武庙即武德楼，俗称武夫子庙，建成于明洪武二十七年（1394），与当时建成的功臣庙（祀明朝开国元勋徐达）、蒋王庙（祀汉代秣陵尉蒋子文）、卞壶庙（祀东晋大臣卞壶）、刘越王庙（祀南唐大将刘仁瞻）、曹武惠王庙（祀北宋大将曹彬）、元卫国公庙（祀元末金陵死难的大臣福寿）等统称“十庙”。

明朝灭亡后，清政府改明国子监为江宁府学，并将武庙改为祀孔子的文庙，又称府夫子庙。太平天国定都南京期间，文庙及江宁府学被作为宰夫衙所在地，专司杀猪宰羊，椎牛屠狗，以供天朝官员及天京（南京）军民食用。

据史料记载，“十庙”之一的武庙初名关公庙。明万历二十二年（1594），明朝皇帝下诏封关羽为帝，改关公庙为关帝庙，亦称英烈庙，后又改称为武庙。

南京的武庙由于深处市府机关大院而知之者甚少，其实早在明代，它是当时的“十庙之一”，名声盛极一时。

功臣庙建好后，又先后在鸡鸣山一带建起祠山广惠庙、普济禅师庙、五显庙等三座庙。同时，朱元璋还下令把南京城及近郊的城隍庙、帝王庙、真武庙、卞壸庙、蒋忠烈庙、刘越王庙、曹武惠王庙、卫国公庙、关羽庙等9座庙，也改建在鸡鸣山。

据民俗记载，关羽是封建社会民间信仰颇为广泛的神明，向来就有“香火之盛，将与天地同不朽”之说。在灵魂崇拜中，关羽是“结义之神”、“勇武之神”、“伏魔之神”。在民间传说中，关羽在还未遇到刘备之时，是卖豆腐的，网页游戏私服推荐，所以他又是豆腐业者的保护神，至今留有“关老爷卖豆腐，人硬货不硬”的歇后语。商人们也因为关羽生前精于理财，长于算术记账，发明有原、收、出、存四项簿记法，而称他为会计专家，因此，关公也被奉为商业的保护神。

民国时期地图，右上红圈为“武庙”。