将所有的黑色树木全部恢复元气后，到神木村山顶上的平台，和那里的“橘子爷爷”对话，之后就能看到“橘子爷爷”跳舞了，非常搞笑的说，而且还得由玩家画出花朵。画的时候一定要一次到位，不然就会失败从来。完全成功后发生剧情……
但是，在某个夜晚，恐怖的悲剧突如其来的袭击了神木村。这时，村子的守护神因为宿命的安排，为了使被诅咒的大地从见天日，传说中的大神『アマテラス』降临了。深深的相信着神明的人们和盼望着和平的动物们把自己的力量借给了天照大神，并勇敢的和天照大神站到了一起。以此进行的冒险正在等着你的继续……
随后镜头转到了『ヤマタノオロチ』被封印的地方，一个恶人将『ヤマタノオロチ』的封印解除了。之后『ヤマタノオロチ』复活了，并将世界重新被黑暗所包围。
战斗时，会随机出现一种怪物。将其消灭后，只要在妖怪手配书上划掉相对应的名字即可。
之后来到地图上下边的《十六夜神社》内，和里面的神主对话，得到妖怪手配书。刚出来就进入了战斗中……
很久很久以前……
（这里是一个小游戏，只要在他砍过物体之后，就立刻发动画笔将目标砍断，否则只靠那把木剑是什么也干不了的。）
之后来到“天照大神”的石像前，就在一块大石头即将摧毁“天照大神”的石像时，“木精 サクヤ姬”及时出现挡住了这块大石头，石像才得以安全。
（战斗提示：他的所有攻击方式都有提前量，只要掌握好时机，他的所有招数都可以轻松躲过。不过我在此建议各位玩家把大神的武器换成新得到的神器“勾玉”，因为“勾玉”的攻击方式是鞭子和子弹的二和一，而且鞭子的攻击距离长，在加上他只能在地上攻击，所以，对付他的最好战法就是跳起来用连成鞭子的“勾玉”来攻击他。只要他身上变成一个颜色了，就是一闪的时机到了。ウシワカ的攻击力比较厉害，要小心对付。）
之后出现了箭头提示，按照提示离开伊耶纳齐洞窟，途中发生第一场战斗，敌人是两只绿天邪鬼，对付起来很简单。
战斗胜利后，如果是晚上的话就可以进入タマヤの家了。进入后和里面的タマヤ对话，然后只要先画一个圈，再右上方画一条断线即可（说白了就是画一个类似圆球炸弹的形状就可以了。）。剧情之后绘制下一个星座，成功后第四个笔神“爆神”就出现了（这个笔神比较搞笑）。得到“爆神”的笔神之力后，就可以用来炸开一些无法打开的地方了。
将酒职人クシナダ的水车修好，然后进屋和她对话。之后到她那里得到一瓶“铭酒 绝景神”，这是推动剧情的重要道具，千万不要忘了。（因为是大神必须用嘴叼着的，所以目前先不要拿着走，只要别忘了就行。）
来到《アガタの森》后，因为里面被邪气所包围，所以只能和之前一样先到其他地方了。继续前进，直到一间类似占卜屋那里，进入房子。和里面的老奶奶对话，之后得到坚定书。贴着河的左边走，一直来到一个墙壁有裂缝的洞穴内，炸开后进入里面复活大树。然后就能够静化这里了。
突然，远古封印的大妖怪『ヤマタノオロチ』苏醒了过来，所有的生命在一瞬间都被吞噬掉了。草，木，包括太阳，所有的一切都被黑暗所包裹。解决了这些绿天邪鬼之后，取得面前的宝箱，里面的物品是“饵袋（豆）”。然后来到神木村，帮橘子婆婆把衣服凉干后，她会让大神晚上去她家，她会给大神做樱花饼，只要晚上去她家就可以了。
之后来到伊耶纳齐洞窟的石像前，用“苏神”之力恢复那把剑的原貌后，再点制另一个星座，成功后第二个笔神“断神”出现了。得到“断神”的笔神之力后就可以用“一闪”劈开进来时的门了。以后见到可疑个东西都可以试一试……
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由于大神的加护，和平的以继续保持下去。