除此之外，江苏、安徽两省环保部门对此次污染事件中，上游开闸放水是否要提前告知下游也并未达成一致，连带的渔民赔偿问题也存在争议。为此，江苏省环保厅多次申请生态环保部参与协调此次污染事件，尚未得到答复。

对于江苏、安徽双方在污染事件上的分歧，中科院地理科学与资源研究所研究员贾绍凤认为，现在是利益相关方自己在协商此事，双方可能会对数据的公布、解读有所选择，目前最关键的是两省要把跨省断面的水质监测原始数据公开，“只有数据公开，才能进一步查清事实。”

安徽省宿州市水利局防汛抗旱指挥部办公室主任王兴奎表示，宿州境内生活污水主要是通过穿过新汴河河底的三个地下涵洞排放，除了一小部分的小河流、水沟之外，基本不排入新汴河，“新汴河位置较高，污水很难排进去。因此，也不能断定，新汴河污水就来自宿州。”

泗洪县水利局防汛办主任杨毅告诉重案组37号：“往年安徽开闸泄洪也会告知江苏省水利厅，再向市县传达，但这次没有通知我们。”

安徽省宿州市环保局副局长马昭军说，奎河是江苏徐州的主要排污通道，在历史上水质一直很差。特别是1997年以前，从奎河到新濉河整条都是黑河，他记得，当时奎河化学需氧量经常超标几百倍。

“目前，我们也还在跟徐州联合排查徐州境内的污染源。”马昭军告诉重案组37号。

王灿发告诉重案组37号，目前类似的污染补偿问题，国内法律法规也没有细化的规定，《环境保护法》也只是原则性地提出，跨行政区域的环境污染和生态破坏的防治，由上级人民政府协调解决，或者由有关地方人民政府协商解决。“通常情况，两地政府协商不了，就得找上一级部门。比如这次两省之间的污染，协商不了就得找生态环保部、国务院。”