《红色警戒3：起义时刻》将玩家引入的是《红色警戒3》壮丽战役之后的故事，现在苏联刚从决战中元气大伤，旭日帝国拼命地尝试重新夺回荣誉和地位，同时看上去获胜的盟军正发现自己的部队处在贪污和谎言之中。

《红色警戒3》故事描述强大的苏俄军队节节败退，盟军准备一举攻入克里姆林宫，库可夫将军以及查丹科上校决心孤注一掷，使用了未经测试的秘密武器：俄军时空机器；结果，他们改写了历史，在总理查丹科的领导下，让盟军濒临战败边缘，但他们却意外发现，昇阳帝国悄悄地坐大，神圣的天皇芳朗选择在此时刻发动攻击。当天皇的帝国军队带来了巨大威胁，准备将俄军和盟军从地球上消灭殆尽……从这一刻起，世界的发展全然掌握在玩家的手里，，当盟军、俄军与昇阳帝国三大阵营在玩家眼前，玩家该如何抉择？无论选择投身任一阵营，都将写下历史新页。

　　在增加的四个迷你战役中，每个势力各有一场战役和一场放置在旭日帝国的起源突击队Yuriko的额外战役。《红色警戒3：起义时刻》也介绍了新的指挥官挑战模式，允许玩家测试自己能力，对抗一组不同势力组成的指挥官和50种拥有各自特别规则和条件的独特挑战的不同难度。