在游戏中，舰船种类的不同决定着其大小尺寸的不同。无论是小型侦察飞船，还是大型巡洋战舰，都按照一定的比例出现在游戏屏幕中。或许有的玩家还记得《家园》中的Heavy Cruiser是一个大块头的家伙，那么当看到《家园2》中Hiigaran族的 Battlecruiser时，才会知道什么样的飞船才是真正的大型飞船。比Battlecruiser更大的是Shipyard，它是一个活动的造船基地，可以提高玩家生产舰船的速度。不过，它的防御性极差，需要玩家指派一定的舰队对其进行保护，否则它只能成为敌人刀下的羔羊。

　　在先前的《家园》中，一个令人感到比较奇怪的设定是对立的两个种族所使用的飞船都非常相似。这不得不让玩家产生疑问，在无边无垠的宇宙空间里，尽管两个种族的人们想法可能相似，但是他们怎么可能使用相同的技术，以同样的方式建造出酷似的飞船呢？这未免有欠真实了。Relic Software听取了玩家们的意见。在《家园2》中，作为主角的Hiigaran种族拥有自己特有的飞船和技术，而其它敌对的种族则使用完全不同的飞船和技术。此外，游戏中虽然会出现前作中一些克隆过来的飞船和舰队，但是绝大部分舰船都是全新的，为游戏增添了活力无穷且有趣的游戏性。